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生物の分類

魚類に入る前に生物全体の分類から大雑把に説明する.
現在,生物は3つのドメイン(細菌,アーキア,真核生物)に分けられることが多い.
それぞれの文献における概ね界の階級までの分類は次のようになる.

Adl et al. (2012)
(真核生物のみ)
巌佐ほか編 (2013)Ruggiero et al. (2015)Adl et al. (2019)

-
-
Eukaryota

 Amorphea
  Amoebozoa
  Opisthokonta
   Holozoa




    Aphelidea
   Nucletmycea
    Rozella
    Fungi
 Diaphoretickes
  Archaeplastida

  Sar
 Excavata
  Haptophyta

  Centrohelida

  Palpitomonas

  Cryptophyceae


Bacteria
Archaea
Eukarya

 (アメーバ上界)
  Amoebobiota
 Opisthokonta
  Animalia(Holozoaホロゾア)

  Fungi(Holomycota)
    (門不明)
     (綱不明)
      Aphelidida
    Cryptomycotaクリプト菌門
     Rozella

 Bikonta(バイコンタ)
  Plantae(Archaeplastida古色素体類)
  Chromista
   Harosaハロサ亜界(SAR clade)
   Hacrobiaハクロビア亜界(CCTH clade)
    Haptophytaハプト植物門
    Heliozoaヘリオゾア門(太陽虫門)
     Centrohelea有中心粒綱

-

    Cryptophytaクリプト植物門
  Excavata
Superkingdom Prokaryota(原核生物上界)
 Kingdom Bacteria
 Kingdom Archaea
Superkingdom Eukaryota
 Kingdom Protozoa(原生動物界)
  Subkingdom Sarcomastigota
   Phylum Amoebozoa

 Kingdom Animalia
 Kingdom Protozoa(原生動物界)
  Subkingdom Sarcomastigota
   Phylum Choanozoa
    Subphylum Paramycia
     Class Aphelidea

     Class Rozellidea


 Kingdom Plantae
 Kingdom Chromista
  SUBKINGDOM Harosa
  SUBKINGDOM Hacrobia
   Phylum Haptophyta
   Phylum Heliozoa
    Class Centrohelea
   Phylum Cryptista
    Subphylum Palpitia
    Subphylum Rollomonadia

   Infrakingdom Excavata

-
-


AMORPHEA
 Amoebozoa
 Opisthokonta
  Holozoa

  Nucletmycea
   Fungi
    Opisthosporidia
     Aphelidea

     Rozellida

DIAPHORETICKES
 Archaeplastida

 Sar
 Haptista
  Haptophyta

  Centroplasthelida
 Cryptista
  Palpitomonas

  Cryptophyceae
(Incertae sedis EUKARYA)

本サイトでは巌佐ほか編 (2013)に従い生物全体を3ドメインに分け,真核生物についてはAdl et al. (2019)の分類を参考に次のように整理した.

細菌ドメイン Domain Bacteria
アーキアドメイン Domain Archaea
真核生物ドメイン Domain Eukarya
 Amorphea
   アメーバ界 Kingdom Amoebobiota
  オピストコンタ Opisthokonta
   動物界 Kingdom Animalia(Holozoa)
   菌界 Kingdom Fungi(Nucletmycea)
 Diaphoretickes
   植物界 Kingdom Plantae(Archaeplastida)
   ハロサ界 Kingdom Harosa(Sar)
   ハプト植物界 Kingdom Haptista
   クリプト植物界 Kingdom Cryptista
 所属不明のエクスカバータ類 Excavates

ただし,アーキアは非単系統(真核生物を含むと単系統)である(例えば,Hug et al., 2016)ことからこの分類は暫定的なもの.


動物界 Kingdom Animalia

それぞれの文献における動物界の分類は次のようになる.

巌佐ほか編 (2013)Satoh et al. (2014)一部の左右相称動物のみRuggiero et al. (2015)Giribet (2016)
後生動物のみ
Adl et al. (2019)
Animalia(Holozoaホロゾア)
     Amoebidiozoa(アメービディオゾア門)
      Corallochytres
-
      Ichthyosporea
     (門不明)
      Filasterea
     Choanozoa
 Metazoa

     Ctenophora
     Porifera

     Placozoa

     Cnidaria
  Bilateria
   Deuterostomia
     Xenacoelomorpha


     Chordata
      Cephalochordata
      Urochordata(Tunicata被嚢動物亜門)
      Vertebrata

     Echinodermata
     Hemichordata
   Protostomia

     Chaetognatha
    Lophotrochozoa
     Dicyemida(Rhombozoa菱形動物)
     Orthonectida

     Cycliophora

     Gnathostomulida
     Micrognathozoa
     Rotifera
     Acanthocephala


     Gastrotricha
     Platyhelminthes

     Mollusca
     Annelida(含Sipuncula)

     Nemertea

     Brachiopoda
     Phoronida
     Bryozoa
     Entoprocta
    Ecdysozoa

     Priapulida
     Loricifera
     Kinorhyncha

     Nematoda
     Nematomorpha

     Tardigrada
     Onychophora
     Arthropoda



-












Subkingdom Bilateria
 Infrakingdom Deuterostomia
-


  Superphylum Chordata
   Phylum Cephalochordata
   Phylum Urochordata(Tunicata)
   Phylum Vertebrata
  Superphylum Ambulacraria
   Phylum Echinodermata
   Phylum Hemichordata
 Infrakingdom Protostomia


  Superphylum Lophotrochozoa
   -
   -

   -

   -
   -
   -
   -


   -
   Phylum Platyhelminthes

   Phylum Mollusca
   Phylum Annelida

   -

   -
   -
   -
   -
  Superphylum Ecdysozoa

   Phylum Priapula
   -
   -

   Phylum Nematoda
   -

   -
   -
   Phylum Arthropoda


     Class Corallochytrea
-
     Class Ichthyosporea

     Class Filasterea
     Class Choanoflagellatea(襟鞭毛虫綱)
Kingdom Animalia
 Subkingdom N.N.
    Phylum Ctenophora
    Phylum Porifera

    Phylum Placozoa

    Phylum Cnidaria
 Subkingdom Bilateria
  Infrakingdom Deuterostomia
    Phylum Xenacoelomorpha


    Phylum Chordata
     Subphylum Cephalochordata
     Subphylum Urochordata
     Subphylum Vertebrata

    Phylum Echinodermata
    Phylum Hemichordata
  Infrakingdom Protostomia
   Superphylum N.N.
    Phylum Chaetognatha

    Phylum Rhombozoa
    Phylum Orthonectida
   Superphylum Spiralia
    Phylum Cycliophora

    Phylum Gnathostomulida
    Phylum Micrognathozoa
    Phylum Rotifera
    Phylum Acanthocephala


    Phylum Gastrotricha
    Phylum Platyhelminthes

    Phylum Mollusca
    Phylum Annelida
    Phylum Sipuncula
    Phylum Nemertea

    Phylum Brachiopoda
    Phylum Phoronida
    Phylum Bryozoa
    Phylum Entoprocta
   Superphylum Ecdysozoa

    Phylum Priapulida
    Phylum Loricifera
    Phylum Kinorhyncha

    Phylum Nematoda
    Phylum Nematomorpha

    Phylum Tardigrada
    Phylum Onychophora
    Phylum Arthropoda



-




Metazoa

          Ctenophora
          Porifera
 Parahoxozoa
          Placozoa
  Planulozoa
          Cnidaria
   Bilateria

          Xenacoelomorpha
    Nephrozoa
     Deuterostomia
      Chordata
          Cephalochordata
          Urochordata
          Craniata
      Ambulacrania
          Echinodermata
          Hemichordata
     Protostomia

          Chaetognatha
      Spilalia
          Dicyemida
          Orthonectida

          Cycliophora
       Gnathifera
          Gnathostomulida
          Micrognathozoa
          Rotifera(たぶん含Acanthocephala)

       Platytrochozoa
        Rouphozoa
          Gastrotricha
          Platyhelminthes
        Lophotrochozoa
          Mollusca
          Annelida

          Nemertea
         Lophophorata
          Brachiopoda
          Phoronida
          Bryozoa
          Entoprocta
      Ecdysozoa
       Scalidophora
          Priapulida
          Loricifera
          Kinorhyncha
       Nematoida
          Nematoda
          Nematomorpha
       Panarthropoda
          Tardigrada
          Onychophora
          Arthropoda
Holozoa
 Incertae sedis Holozoa
  Corallochytrium
  Syssomonas
 Ichthyosporea

 Filasterea
 Choanoflagellata
 Metazoa

-
  Porifera

  Trichoplax
-




















































本サイトでは次のように整理した.巌佐ほか編 (2013)の「アメービディオゾア門」はPaps et al. (2013)によれば非単系統群であることから使用しない.後生動物内の分類は主にGiribet (2016)に従った.Chordata内の分類および左右相称動物内の分類階級はSatoh et al. (2014)に従った.

動物界 Kingdom Animalia
            コラロキトリウム類 Corallochytrea
            Genus Syssomonas
           イクチオスポレア門 Phylum Ichthyosporea
           フィラステレア門 Phylum Filasterea
           襟鞭毛虫門 Phylum Choanozoa
 後生動物 Metazoa
           有櫛動物門 Phylum Ctenophora
           海綿動物門 Phylum Porifera
  Parahoxozoa
           板形動物門 Phylum Placozoa
   Planulozoa
           刺胞動物門 Phylum Cnidaria
    左右相称動物亜界 Subkingdom Bilateria
           珍無腸動物門 Phylum Xenacoelomorpha
     Nephrozoa
      新口動物下界 Infrakingdom Deuterostomia
       脊索動物上門 Superphylum Chordata
           頭索動物門 Phylum Cephalochordata
           尾索動物門 Phylum Urochordata
           有頭動物門 Phylum Craniata
       Superphylum Ambulacrania
           棘皮動物門 Phylum Echinodermata
           半索動物門 Phylum Hemichordata
      旧口動物下界 Infrakingdom Protostomia
           毛顎動物門 Phylum Chaetognatha
       らせん卵割動物上門 Superphylum Spilalia
           二胚動物門 Phylum Dicyemida
           直泳動物門 Phylum Orthonectida
           有輪動物門 Phylum Cycliophora
        Gnathifera
           顎口動物門 Phylum Gnathostomulida
           微顎動物門 Phylum Micrognathozoa
           輪形動物門 Phylum Rotifera
           鉤頭動物門 Phylum Acanthocephala
        Platytrochozoa
         Rouphozoa
           腹毛動物門 Phylum Gastrotricha
           扁形動物門 Phylum Platyhelminthes
         Lophotrochozoa
           軟体動物門 Phylum Mollusca
           環形動物門 Phylum Annelida
           紐形動物門 Phylum Nemertea
          Lophophorata
           腕足動物門 Phylum Brachiopoda
           箒虫動物門 Phylum Phoronida
           苔虫動物門 Phylum Bryozoa
           内肛動物門 Phylum Entoprocta
       脱皮動物上門 Superphylum Ecdysozoa
        Scalidophora
           鰓曳動物門 Phylum Priapulida
           胴甲動物門 Phylum Loricifera
           動吻動物門 Phylum Kinorhyncha
        Nematoida
           線形動物門 Phylum Nematoda
           類線形動物門 Phylum Nematomorpha
        Panarthropoda
           緩歩動物門 Phylum Tardigrada
           有爪動物門 Phylum Onychophora
           節足動物門 Phylum Arthropoda

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有頭動物門 Phylum Craniata

それぞれの文献における有頭動物門の分類は次のようになる.

巌佐ほか編 (2013)中坊編 (2013)Ruggiero et al. (2015)Nelson et al. (2016)
Vertebrata
 Agnatha
  †Conodonta

  †Myllokunmingiida
  Cyclostomata(円口綱)
   Myxiniformes

   Petromyzontiformes
  †Cephalaspidomorphi(頭甲綱)
  †Galeaspida(Galeaspidiformes)
  †Pteraspidomorphi
  †Anaspida
  †Thelodontiformes
 Gnathostomata


-

-
Superclass Agnatha(無顎上綱)
 Class Myxini

 Class Cephalaspidomorphi

 -
 -
 -
 -
Superclass Gnathostomata


-
Subphylum Vertebrata
-
 Infraphylum Agnatha
  Class Myxini

  Class Cephalaspidomorphi

  -
  -
  -
  -
 Infraphylum Gnathostomata


†Subphylum Conodontophorida
Subphylum Craniata


 Infraphylum Myxinomorphi
 Infraphylum Vertebrata
  Superclass Petromyzontomorphi
  †Superclass Osteostracomorphi
  †Superclass Osteostracomorphi
  †Superclass Pteraspidomorphi
  †Superclass Anaspidomorphi
  †Superclass Thelodontomorphi
  Superclass Gnathostomata

本サイトでは基本的にNelson et al. (2016)に従って次のように整理した.Craniataの和名は「有頭動物」とするもの(例えば,石川, 1934)と「頭蓋類」とするもの(例えば,中坊編, 2013)があるが,どちらに先取されているかメンドクサイので調べていない不明なので,語呂が良い有頭動物を使用した.有頭動物を門の階級としたので,Nelson et al. (2016)におけるMyxinomorphiおよびVertebrataを亜門の階級とした.

†コノドント門 †Phylum Conodontophorida
有頭動物門 Phylum Craniata
   †ミロクンミンギア綱 †Class Myllokunmingiida
 ヌタウナギ亜門 Subphylum Myxinomorphi
 脊椎動物亜門 Subphylum Vertebrata
  ヤツメウナギ上綱 Superclass Petromyzontomorphi
  †骨甲上綱 †Superclass Osteostracomorphi
  †翼甲形上綱 †Superclass Pteraspidomorphi
  †欠甲上綱 †Superclass Anaspidomorphi
  †テロードゥス上綱 †Superclass Thelodontomorphi
  顎口上綱 Superclass Gnathostomata

魚類とは分類学的には脊索動物のうち,ヌタウナギ類,ヤツメウナギ類,板皮類,軟骨魚類,棘魚類,条鰭類,シーラカンス類,ハイギョ類などの総称で,非単系統群である.


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ヌタウナギ亜門 Subphylum Myxinomorphi

現生種は次の1目からなる.淡水魚は知られていない.

ヌタウナギ亜門 Subphylum Myxinomorphi
 ヌタウナギ綱 Class Myxini
  ヌタウナギ目 Order Myxiniformes

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脊椎動物亜門 Subphylum Vertebrata

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ヤツメウナギ上綱 Superclass Petromyzontomorphi

現生種は次の1目3科からなる(Renaud, 2011; van der Laan et al., 2014; Nelson et al., 2016).Petromyzontidae内の亜科についてはNelson et al. (2016)に従った.すべて淡水魚.

ヤツメウナギ上綱 Superclass Petromyzontomorphi
 ヤツメウナギ綱 Class Petromyzontida
  ヤツメウナギ目 Order Petromyzontiformes
   ヤツメウナギ科 Family Petromyzontidae
    Subfamily Lampetrinae
     ミツバヤツメ属 Genus Entosphenus
     カワヤツメ属 Genus Lethenteron
    Subfamily Petromyzontinae
   Family Geotriidae
   Family Mordaciidae

○参考文献○

  • Adl, S.M., Bass, D., Lane, C.E., Lukeš, J., Schoch, C.L., Smirnov, A., Agatha, S., Berney, C.,Brown, M.W., Burki, F., Cárdenas, P., Čepička, I., Chistyakova, L., del Campo, J., Dunthorn, M., Edvardsen, B., Eglit, Y., Guillou, L., Hampl, V., Heiss, A.A., Hoppenrath, M., James, T.Y., Karpov, S., Kim, E., Kolisko, M., Kudryavtsev, A., Lahr, D.J.G., Lara, E., Le Gall, L., Lynn, D.H., Mann, D.G., i Molera, R.M., Mitchell, A.E.D., Morrow, C., Park, J.S., Pawlowski, J.W., Powell, M.J., Richter, D.J., Rueckert, S., Shadwick, L., Shimano, S., Spiegel, F.W., i Cortesar, G.T., Youssef, N., Zlatogursky, V. & Zhang, Q. 2019. Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes. Journal of Eukaryotic Microbiology, 66: 4-119.
  • Adl, S.M., Simpson, A.G.B., Lane, C.E., Lukeš, J., Bass, D., Bowser, S.S., Brown, M.W., Burki, F., Dunthorn, M., Hampl, V., Heiss, A., Hoppenrath, M., Lara, E., le Gall, L., Lynn, D.H., McManus, H., Mitchell, E.A.D., Mozley-Standridge, S.E., Parfrey, L.W., Pawlowski, J., Rueckert, S., Shadwick, L., Schoch, C.L., Smirnov, A. & Spiegel, F.W. 2012. The Revised Classification of Eukaryotes. J. Eukaryot. Microbiol., 59(5): 429-493.
  • Giribet, G. 2016. New animal phylogeny: future challenges for animal phylogeny in the age of phylogenomics. Organisms Diversity & Evolution, 16(2): 419-426. DOI: 10.1007/s13127-015-0236-4
  • Hug, L.A., Baker, B.J., Anantharaman, K., Brown, C.T., Probst, A.J., Castelle, C.J., Butterfield, C.N., Hernsdorf, A.W., Amano, Y., Ise, K., Suzuki, Y., Dudek, N., Relman, D.A., Finstad, K.M., Amundson, R., Thomas, B.C. & Banfield, J.F. 2016. A new view of the tree of life. Nature Microbiology, 1, Article number 16048:1-6. DOI: 10.1038/nmicrobiol.2016.48
  • 石川千代松.1934.動物学講義 下巻.金刺芳流堂,8+573+40pp.
  • 巌佐 庸・倉谷 滋・斎藤成也・塚谷裕一(編).2013.岩波 生物学辞典 第5版.岩波書店,xvii+2172pp.
  • Karpov, S.A., Mamkaeva, M.A., Aleoshin, V.V., Nassonova, E., Lilje, O. & Gleason, F.H. 2014. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. Frontiers in Microbiology, doi: 10.3389/fmicb.2014.00112
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